Флористикалық құрамы бойынша Батыс- Алтай мемлекеттік табиғи қорығы Қазақстан қорықтары арасында алдыңғы орындарға ие. Түтікті өсімдіктер флорасы 883 түрді құрайды.

27 өсімдіктер Қазақстанның Қызыл кітабына енгізілген. Көктем жанаргүлі Батыс- Алтай мемлекеттік табиғи қорығының аумағында өсетін өсімдіктердің бір түрі болып табылады, ол көктем жанаргүлі (угілжапырақ, көктем жанаргүлі, черногорка немесе стародубка). Өсімдіктің бірнеше ботаникалық және шексіз халық атаулары бар. Жанаргүлді қоян тәріздес көкнәр, түкті, қара шөп деп атайды. Жанаргүл жойылып кету қаупіне жататын, жабайы фауна мен флора түрлерінің халықаралық саудасы туралы конвенцияға сәйкес, халықаралық деңгейде қорғалады. Көпжылдық өсімдік жазық жерлерде, қайың және емен ормандарында кездеседі, құрғақ беткейлер мен қара топырақты жерлерді ұнатады. Медициналық мақсаттар үшін өсімдіктің жерүсті бөлігін пайдаланады, ол тұқым себілгенге дейін жанаргүл гүлденуінің соңында кесіледі. Кептірілген шикізат жүрек тыныштандыру мен несеп айдайтын дәрілер дайындау үшін қолданылады. Сонымен қатар, жанаргүл негізіндегі дәрі ұйқысыздық пен зияндас кезінде тиімді