Қорық аумағы Қазақстан Республикасының 2007 жылғы 07 қарашасынан бастап 86 122 га көлеміне дейін көбейтілді, соның ішінде орман қамтылған алаң-38 272 га, 2008 жылдың 1 қантарынан Қаулы күшіне енді.

Қорық Республикалық маңызы бар ерекше қорғалатын аумақтардың ең жоғары санатына жатады. Мемлекеттік меншіктегі қорықтың жерлері мекемеге мерзімсіз жалға берілді және олар табиғи ресурстарын пайдалану үшін қолданылмайды. Жер учаскелері және оларда орналасқан мемлекеттік табиғи – қорықты қордың нысандары жекешелендіруге жатпайды; жерді алып алуы рұқсат етілмейді. (ҚР «ЕҚТА туралы» Заңының 4 т. 15 бабының 2 тармағы, 23 бабының 1,2 тармағы).

Батыс- Алтай мемлекеттік табиғи қорығы Табиғатты қорғау Халықаралық бірлестігіндегі табиғи аймақтардың 1 б санатына сәйкес.

2007 жылғы 27 желтоқсандағы №385 Шығыс Қазақстан облыс Әкімдігінің қаулысымен қорықтың ҚР және РФ мемлекеттік шекарасының периметрінен басқа, қорық аумағының периметрі бойынша ені 2 шақырым күзету аймағы орналасқан. Күзету аймағының жерлері негізгі жер пайдаланушылардан алынған жоқ, олар ауыл шаруашылық тағайындау және орман қорының жерлерінен құрылды.

Күзету аймағында табиғаттың қалыпты жағдайын түбегейлі бұзатын қандай да іс-әрекеттерге тыйым салынады. Қорықтың ұйымдастырылуы және қалыптасуы еліміздің экономикасының жаппай құлдырауының қиын кезеңіне келді. 2004 жылдан бастап қана   қажетті  материалдық-техникалық  базасымен қамтамасыз  ету үшін жеткілікті түрде   қаржыландыру басталды.   Бұл қорықты ұйымдастырудағы өткізілуге тиіс аумақтың барлық табиғи нысандарын толық түгенделуі мен жеткіліксіз меңгерілуі сияқты себептермен түсіндіріледі. Бірінші кезекте аумақты жекелей шығару мен онда күзет орнатуды енгізу бойынша жұмыстарды шұғыл жүргізу қажет.

1992-1993 жылдары аралығында Шығыс Қазақстан жер орналастырушы басқармасымен қорықтың тапсырысы бойынша қорықтың шекаралары анықталды. Қорықтың аймағы сол уақытқа ең мықты мамандармен зерттелді (Ткач, 1973; Котухов , 1975; Байдавлетов, 1984; Байтулин, 1991; Ракитянская, 1991; Цыганов, 1992).

1999 жылғы 3 маусымынан мекеменің атауы – «Батыс –Алтай мемлекеттік табиғи қорығы». 2003 жылғы 21 наурызынан «ЕҚТА туралы» Заңының шығуымен, қорықтың мәртебесі өзгертілді – «Батыс - Алтай мемлекеттік табиғи қорығы» мемлекеттік мекемесі болып өзгертілді.

2004 жылдан бастап тұрақты жер пайдаландың құқығын қайта рәсімдеуіне байланысты ММ «Батыс- Алтай мемлекеттік табиғи қорығы» ММ «ВОСТОКНПЦЗЕМ» қорыққа бекітілген 56078 га жері расталды.

2005 жылы Қазақстан Республикасының 2003 жылғы 20 маусымдағы №442-11 Жер Кодексіне сәйкес Батыс Алтай мемлекеттік табиғи қорығы бекітілген жерлерге тұрақты пайдалану құқығы Актісін алды.

Қорықты ұйымдастыру кезінде, ауданның аз меңгерілуіне байланысты кейбір құнды өсімдіктер мен жануарлар түрлерінің мекендеу орны, есепке алынбады, сондай-ақ сібір қарағайының құнды ауқымы қорықтан тыс қалды.

Қазақстан Республикасының 2000 жылғы 10 қарашадағы №1692 Үкімет Қаулысымен мақұлданған «2030 жылға дейін Қазақстан Республикасының Ерекше қорғалатын табиғи аумақтарды орналастыру және даму концепциясына» сәйкес 2004 жылы қорықтың аумағын кеңейту ұсынысы пайда болды.

Батыс - Алтай мемлекеттік табиғи қорығының Ғылым, ақпарат және мониторинг бөлімінің зерттеуі бойынша, сондай-ақ Алтай ботаникалық бау-бақшасының, Алтай орман тәжірибе станциясының мамандарының және Шығыс Қазақстан аймақтық орман және аңшылық шаруашылығы басқармасы мамандарының деректерін есепке ала отырып, қорық аумағына қосылатын 3 учаске анықталды. Алматы «ЭКОПРОЕКТ ltd» ЖШС мен қорық қызметкерлері сирек кездесетін және жоғалып бара жатқан жануарлар мен өсімдіктер түрлерін анықтау үшін зерттеу жүргізді.

Өткізілген талдау бойынша қорықтың барлық аумағында және оған қосылатын учаскелерінде табиғатты қорғаудың жоғары маңыздылығы бар екені анықталды

1. «ҚР орман кодексіне» сәйкес орман ауқымының, әсіресе қара тайганың жоғары мәртебесі бар.
2. Қазақстанның Қызыл Кітабына енген өсімдіктердің өсу жерлері.
3. Тұяқты жануарлардың бұзаулау  және олардың маусымдық ауып кету жерлері.

2007 жылғы 7 қарашадағы Қазақстан Республикасының үкіметінің қорық аумағының кеңейтілуі жайлы Қаулысы 2008 жылдың 1 қантарынан күшіне енді. Осыған сәйкес қорық шекарасы өзгертіліп, Риддер орман шаруашылығы КММ, Каменушка учаскесі және Светлый ключ, Зырян орман шаруашылығы  –  Тұрғұсын  учаскесі есебінен  аумақтың  көлемі  30 044  га дейін  кеңейтілді.  Қазіргі  уақытта қорықтың  жалпы  аумағы  86 122  га құрайды. Қорықтың   аумағы   өзінің  табиғи-климаттық  және   эстетикалық жағдайымен Батыс Алтайдың барлық орта таулы және биік таулы көрінісін, өзгеше келбетін қамтып кӛрсетеді, өсімдіктер мен жануарлар дүниесінің алуан түрлілігіне ие.

Батыс –Алтай қорығының қазіргі құс фаунасында 162 түрі бар, соның ішінде 120 түрі ұялайды. Болашақ зерттеулерде бұл тізім ұшып келетін, ұшып кететін және қоныстанатын түрлер үшін кеңейтіледі. Батыс-Алтай қорығында қызыл кітапқа енген, сирек кездесетін және жойылып кету қаупі бар құстардың 6 түрі бар екені анықталды, соның ішінде 5 түрі ұялайды (қара құтан-ciconia nigra. Бүркіт- aguila chrysaetos. Сапсан- falco peregrinus. Сұр тырна – grus grus, үкі- bubo bubo ) және 1 түрі балобан – falco gherrug, жылы жерлерге ұшу кезінде кездеседі.