По флористическому составу ЗАГПЗ занимает одно из ведущих мест среди заповедников Казахстана. В заповеднике прекрасные хвойные леса, необычная горная растительность, да и цветов здесь растет немало, так что с весны до осени Рудный Алтай выглядит крайне пестро и удивительно. Лесные угодья заповедника занимают 65% от общей площади. Нелесные угодья – 35%. Самой распространенной породой в заповеднике является пихта, на долю которой приходится 26,7% от покрытых лесом угодий, кедр занимает 23,1%, лиственница – 15,5%, ель – 13,9%, другие древесные породы – 10,1%. 1,1% покрытых лесом угодий представлены насаждениями искусственного происхождения (сосна - 5,7 га, ель – 480,1 га, лиственница 19,6 га, береза – 11,0 га).

        

Флора сосудистых растений составляет 883 вида. 27 растений занесены в Красную Книгу Казахстана.

Растительный мир служит для диких животных не только сферой обитания, но и местом пропитания, размножения, вскармливания молодняка. Растительный мир при этом претерпевает некоторое отрицательное воздействие.

 

Адонис пушистый (үлпекжанаргүл) (Adonisvillosa)

 

 

Адонис(златоцвет весенний) (көктемжанаргүл) (adonisvernalis)

 

 

Арника ильина (ильин арникасы) (Arnikailjinii)

 

 

 

Астрагал солодколистный (Мияжапырақтаспа) (Astragalusglycyphyllos)

 

 

 

  

Баранец обыкновенный (кәдімгі баранец) (Huperziaselago)

 

 

Башмачок пятнистый (сепкілшолпанкебіс) (Cypripediumguttatum) 

 

 

 

Вороний глаз (кәдімгіқарғакөз) (liliaceae)

 

 

 

 

Голосемянник алтайский (Алтай торсыдақ) (gymnospermiumaltaicum)

 

 

 

Дифазиаструм альпийский () (Diphasiastrumalpinum)

 

 

Долгоног снеговой (қардәуаяқ) (macropodiumnivale)

 

 

 

Кандык сибирский (Сібірқандығы) (erythroniumsibiricum)

 

 

 

 

Ковыль перистый (селеу)(stipapennata)

 

 

 

Лилия саранка (лалагүл) (Liliummartagon)

 

 

 

Лук мелкосетчатый (ұсақторлыжуа) (alliummicrodictyon)

 

 

 

Лук низкий (аласажуа) (alliumpumilum)

 

 

 

 

Надбородник

 

 

Пальчатокоренник Фукса (фукс сүйсіні) (dactylornizafuchsia) 

 

 

Пион степной (дала таушымылдығы) (paeoniahybrida)

 

 

 

Пион уклоняющийся (кәдімгітаушымылдық) (paeoniaanomala)

 

 

 

Подлесник

 

 

Прострел раскрытый (құндызшөп) (pulsatillapatens)

 

 

 

Рапонтикумсафлоровидный (Сафлор тәріздесаюдәрі) (rhaponticumcarthamoides)

 

 

 

Ревень Алтайский (Алтай рауғашы) (Rheumaltaicum)

 

 

Родиола розовая (қызғылтсемізот) (rhodiolarosea)

 

 

 

Сибирка алтайская (алтайсибирикасы)(Sibiraeaaltaiensis)

 

 

 

Тюльпан одноцветковый (дарагүлқызғалдақ) (tulipauniflora)

 

 

Тюльпан поникающий (жатағанқызғалдақ) (tulipaheteropetala)